服务标准化与个性化平衡难题：市场竞争促使客户对仓储托管服务需求更加多样。企业为降本增效希望建立标准化流程，但不同行业客户需求差异大，如冷链、危险品行业对仓储环境、流程要求特殊。仓储托管企业既要制定标准化流程，又要具备定制化服务能力，实现两者平衡十分困难 。

技术投入与衔接风险：仓储托管行业依赖物联网、大数据等先进技术提升运营效率，但技术更新快，企业面临高额投入压力。自动化设备、IoT 技术等采购、安装、调试成本高，后续维护升级费用也大。中小仓储托管服务商资金有限，技术投入不足易在竞争中处于劣势。此外，新技术与现有系统、业务流程衔接不当，会降低效率、增加成本，影响企业正常运营。

数据安全与协同风险：数字化运营中，仓储托管企业与客户共享大量敏感数据，数据安全防护至关重要，一旦泄露会给客户造成经济损失，损害企业声誉。在供应链协同方面，涉及多环节、多参与方，各方数据标准和系统架构不同，导致数据协同不畅，影响订单处理和库存管理，增加供应链运营风险。