库存准确性是首要难题。部分仓储企业由于管理不善、技术落后，导致库存数据与实际货物数量不符，误差率较高。这不仅会影响客户的正常销售和生产计划，还可能引发供需失衡、资金占用过多等连锁反应。比如，某电商商家因仓储方库存不准，导致热销商品超卖，不仅影响了店铺信誉，还产生了大量的售后纠纷。

仓储空间利用不合理同样普遍。许多仓储企业没有科学规划仓储区域，货物堆放杂乱无章，有的地方空间闲置浪费，有的地方则拥挤不堪，影响了作业效率。而且，不同类型的货物混放，还可能带来安全隐患，比如将易燃易爆物品与普通货物存放在一起，增加了火灾等事故的发生风险。

温湿度控制不当也是一个突出问题。对于一些对存储环境有特殊要求的货物，如药品、化妆品、精密仪器等，需要严格控制仓库的温湿度。但部分仓储企业缺乏专业的温湿度调节设备和有效的监控手段，导致货物因温湿度不适而变质、损坏，给客户造成巨大损失。